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暴发案例丨印度德里新生儿 ICU 长孢洛德酵母菌引起的真菌暴发


背景介绍
长孢洛德酵母菌（Lodderomyces elongisporus）是一种罕见的酵母菌，2008 年首次被描述为可以引起血流感染的致病菌。因其与近平滑假丝酵母菌（Candida parapsilosis）生物学特性相似，它最初被认为是近平滑念珠菌的有性阶段。常规的生化鉴定法总是错误的将其鉴定为近平滑假丝酵母菌，然而 DNA 序列分析显示，它是一个独特的物种，两者有亲缘关系但属于不同的种.
由长孢洛德菌引起的侵袭性感染已在全球报道，既往报道主要见于使用免疫抑制和/或静脉通路装置的成人患者。2021 年 9 月至 2022 年 2 月，印度德里的新生儿重症监护病房（NICU）内，由长孢洛德酵母菌引起的真菌感染暴发。暴发涉及 10 个早产、低出生体重新生儿，经两性霉素 B 治疗后 9 例存活。
暴发调查
真菌血液感染（BSI）病例定义为，患者有败血症症状和体征，且外周或中心静脉血标本培养分离出长孢洛德酵母菌。
第一例真菌性脓毒症患儿是一名低出生体重（＜1500 克）的早产儿，有血小板减少和脓毒症表现。经万古霉素、美罗培南联合氟康唑（FLU）（负荷剂量为 12 mg/kg 体重，继而 6 mg/kg 体重）治疗。出生后第 9 天，患儿血培养酵母菌呈阳性。病原鉴定为长孢洛德酵母菌后，停止氟康唑给药，开始用两性霉素 B 脂质体（AMB），剂量为 1 mg/kg 体重，连续 14 天。
此后 6 个月内，NICU 住院新生儿中发现了 10 例病例。前 4 例（病例 1 至 4）发生在 2021 年 9 月的 2 周内。发现第二例患者后，即开始评估感染预防措施，以减少酵母菌的进一步传播。临床医护加强手卫生，提高环境清洁的质量和频率。感染病例曾入住的 NICU 病房被腾空，以进行彻底清洁。感染患儿转入 NICU 的另一个指定房间，直到清洁工作全部完成，再将患儿转回原房间。此后，感染病例数减少，2 个月内各出现一例长孢洛德酵母菌感染。
然而，2022 年 1 月 31 日至 2 月 21 日期间，又集中出现 4 例病例，此时环境采样发现，新生儿开放式保暖台的金属围栏和保温台面两个位点，有长孢洛德菌定植。值得注意的是，这两个环境位点也都有近平滑假丝酵母菌共定植。医护人员手部采样未发现任何酵母菌。进一步暴发调查的同时，采取了严格的感染预防和控制措施：每次接触患儿前后、穿戴或脱卸个人防护装备之前，都要手卫生，并对个人防护装备进行灭菌和日常消毒。
此后感染得到控制，直到 2023 年 2 月，NICU 中仍未发现新发长孢洛德酵母菌病例。
临床情况
临床资料详见表 1。感染患儿发病年龄为 7～35 天。所有新生儿均表现出呼吸暂停发作频率增加的非特异性体征；6 例患儿早期实验室表现为血小板减少（血小板计数＜100×109/L）。平均胎龄 32.4 周，平均出生体重 1.1 kg。危险因素包括早产和低/极低出生体重。除 1 例死亡外，所有新生儿均接受 AMB 治疗并得到改善并出院。
▼表 1 印度新生儿重症监护病房 10 例新生儿长孢洛德酵母菌菌血症临床情况

                               
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DOA: 入院日期；DOB: 出生日期；VLBW: 极低出生体重儿；IUGR: 宫内发育迟缓；PT: 早产儿；ELBW: 超低出生体重儿；LBW: 低出生体重儿；FLU: 氟康唑；AMB: 两性霉素 B
菌株鉴定
基质辅助激光解吸电离-飞行时间质谱分析（MALDI-TOF MS），确定了来自 10 个新生儿的 13 株分离菌为长孢洛德酵母菌，并通过对核糖体 DNA（rDNA）的内部转录间隔区（ITS）测序进一步证实。所有长孢洛德酵母菌株，使用显色琼脂念珠菌培养基 37°C 下培养 48 h 后均呈蓝绿色。另外，Vitek-2 系统将长孢洛德酵母菌株判为近平滑念珠菌的概率为 91～96%。
抗真菌药敏试验（AFST）
AFST 检测株包括所有长孢洛德酵母菌（13 株血液分离株和 2 株无生命环境菌株）以及来自德里另外两家医院的 3 株无生命环境菌株。采用 CLSI 微量肉汤稀释法（M27-A3），所有菌株均对唑类抗真菌药物的 MIC 值均较低。储存的苹果表面获得的 13 株长孢洛德酵母菌与本研究中所获得的菌株的药敏数据相比较发现，来自储存的苹果表面的长孢洛德酵母菌的氟康唑 MICs（MIC 2-4 mg/L）比本次暴发中获得的临床和无生命环境下的菌株高 2-8 倍。基因组分析
研究分析了本次暴发的 13 株临床菌株和 2 株无生命环境菌株的基因组，以及从储存的苹果表面分离出的 7 株菌株和来自另外两家医院地板上的 3 株环境菌株。全基因组序列分析结果可分为两组：一组均采自存储的苹果，另一组分离株来自医院患者、临床环境和存储的苹果。
所有患儿分离株彼此密切相关，并在所有 11 个主要结构上表现出高度相似的杂合度模式。虽然总体上非常相似，来自同一新生儿 NICU 无生命临床环境的菌株与临床菌株有相关性，但显示出明显的杂合性丧失。
有趣的是，基因重组可见于所有样本。所有临床分离株对 10 种抗真菌药物均敏感，与来自仓储的苹果表面的高氟康唑 MIC 菌株相比，临床分离株有显著的基因组差异，包括先前在其它念珠菌属中发现的、24 个三唑耐药相关基因中的 119 个非同义单核苷酸多态性（SNP）。长孢洛德菌适应不同环境过程中显示出基因组的多样性，而基因重组是这些多样性的重要来源。
消毒剂的敏感性
研究 4 类消毒剂对所有菌株的敏感性，包括低水平（无水乙醇）和高水平消毒剂如戊二醛，第五代季铵盐化合物和次氯酸钠。比较消毒剂对不同来源菌株的活性发现，除次氯酸钠外，所有 25 株长孢洛德菌对所有消毒剂的 MIC 值均较低。具体而言，次氯酸钠对大多数临床株（85%），医院的所有无生命环境株以及遗传上与临床菌株有关的苹果菌株的 MIC 值很高（MIC 值为 1%）。值得注意的是，所有无生命环境菌株和 50% 的临床菌株的 MIC（2% 至 4%）比临床实践中使用的次氯酸钠推荐浓度（1%，相当于 1000 ppm）高 2 至 4 倍。相比之下，与暴发群（第 II 类）不同的 5 个苹果菌株显示次氯酸钠 MIC 值较低（0.06% 至 0.5%）。
时间依赖性杀灭动力学
长孢洛德酵母菌对次氯酸钠具有较高的 MIC 值，采用时间-杀伤曲线测定法研究了次氯酸钠对它的活性。时间杀灭动力学曲线表明，临床菌株和无生命环境株对 1% 次氯酸钠的敏感性均低于苹果表面菌株。此外，8 小时后，MIC 较高（MIC 值为 0.1%）的无生命环境株和临床菌株，在 1% 次氯酸钠存在情况下显著生长，与对照（不存在次氯酸钠）没有显著差异。相反，8 小时后，与未处理的细胞相比，用次氯酸钠处理的苹果菌株表现为显著的生长抑制。
将接种物涂抹在沙堡琼脂（SDA）平板上，37°C 孵育 24 小时后，检测三个分离株在 1% 次氯酸钠存在下的活力。1% 次氯酸钠作用 2 小时后，无生命环境菌株生长旺盛，但是，苹果表面的菌株被杀死。
1% 次氯酸钠处理后长孢洛德酵母菌的扫描电镜图
在适应不同的微环境期间，酵母菌的形态特征可能发生变化。使用扫描电镜（SEM）研究用 1% 次氯酸钠处理之前和之后，医院临床株和无生命环境菌株的形态变化。治疗前，临床菌株显示卵圆形芽殖酵母细胞以及管状芽生孢子，而无生命环境菌株的细胞仅显示球形卵圆形酵母细胞。用 1% 次氯酸钠处理后，无生命环境菌株的破坏作用明显。在环境菌株中观察到细胞表面的深度内陷，而临床菌株没有表现出这种变化。检索：周密编译：雷晓婷 芮丽（江苏省中医院）

gkhl678

需要医院微生物室能力的强大，做到了这么精细的循证。学习了，谢谢！

mjm19900801

感谢老师的分享，下次科室讲课 可以参考学习了

美滋滋

gkhl678 发表于 2023-8-7 09:54
需要医院微生物室能力的强大，做到了这么精细的循证。学习了，谢谢！

确实微生物室的水平跟院感水平息息相关

水月

学习了，很好的案例

18785373186

谢谢老师们分享，受益匪浅