Q：宏基因组二代测序技术有什么优势？
A：病原学诊断作为感染性疾病诊断的最重要一环之一，存在检测周期长、阳性率低、受抗生素使用等影响，特殊病原体无法快递甄别，较难满足临床快速的诊疗需求。宏基因组二代测序技术（metagenomics Next Generation Sequencing）以无偏移、广覆盖、高通量、快速精准的特点而广泛应用。
优势： 不基于微生物培养，直接对临床样本中的所有微生物核酸进行高通量测序；
可对已知或未知病原、混合感染、新发病原进行相关鉴定； 灵敏度较高、特异性较好、覆盖度较广； 对判断院内感染或多重耐药菌暴发的同源性有较好的帮助，能够获得病原体序列信息、耐药基因信息等；
Q：什么情况下我们可以送检mNGS？
A：
怀疑不可培养或非典型病原感染； 样本采集前已经进行了抗菌治疗，培养的结果是阴性； 特殊病人如免疫抑制宿主、合并基础疾病、反复住院的重症感染患者需要尽快明确病原体；
由于手术的侵入性或患者的不稳定性，无法获得常规检测的最佳样本时，可选择合适地样本进行mNGS； 由于病原体载量通常在疾病的急性期(如菌血症或病毒血症)达到最高，增加的病原体的载量能够增加mNGS的敏感性，因此建议收集疾病急性时期的样本进行mNGS检测；
Q：
Q：mNGS技术对于医院感染防控的意义？
A：在医院的日常诊疗工作中，难免需要接触许多处于潜伏期或传染期的传染性疾病患者，同时，医院人流量大、交叉感染风险高，存在免疫力低下患者等众多高危人群，传播环节多且不易控制到位。并且许多医院，特别是基层医院普遍不重视传染性疾病防控，一旦出现严重传染性疾病暴发，后果不堪设想；
目前传染性疾病的诊断主要依赖常规微生物培养法。国内绝大部分临床微生物实验室均采用基于生化反应的自动或半自动微生物鉴定系统进行菌种鉴定。但是，由于标本培养采集不规范、送检时机不合理及某些苛养菌常规方法难以培养等原因，常规微生物培养常呈现阴性结果，并且对一些少见、罕见及菌种复合体的鉴定，结果也不十分可靠。而对病毒、寄生虫的检测，常规医院更是难以开展。因此，感染控制部门常无法对疾病进行早期、准确地诊断，也就无法及时采取合适的防控措施，严重影响了传染性疾病的防控工作。
一、快速鉴别、早期预防-前瞻性 基于mNGS检出率强灵敏度高的特点，可以早期快速识别医院患者中的感染性疾病，尽快对患者进行早期干预措施，加强医务人员防护，保护高危人群可以快速降低医院感染风险，提高感染防控能力。
二、暴发溯源、同源分析-回顾性 多重耐药菌的暴发一直是医疗机构院感防控的关键问题，可以利用mNGS技术将分离出的多重耐药菌株进行测序，继而利用软件进行核心基因同源聚类分析，利用构树软件MEGA构建进化树，按照同源性大小进行分组，分析其同源性。结合流行病学调查可以快速判断是否存在多重耐药的院内暴发，以及快速锁定医院感染防控的薄弱环节，通过PDCA等管理方法针对薄弱环节，可以目标明确的改善医疗感染防控的缺陷与短板。进而及时、有效的预防措施阻止或减缓疾病暴发。
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发表于 2023-7-24 08:19:23
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