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[科普笔记] 【感染科普笔记2023-2-3】宁永忠/温海楠丨论微生物检验的样本和标本

 
发表于 2023-2-8 18:59:57 | 查看全部 |阅读模式 IP:安徽

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探秘病原微生物专栏丨论微生物检验的样本和标本https://mp.weixin.qq.com/s/5mvNfl72-AFPPfcEkNWF4g
作者:宁永忠/温海楠
审核:蓝雪0816
微信图片_20230208185842.png
首先看英文词,常用的有sample和specimen。其他词汇,罕有使用。多兰医学辞典(第29版,即世纪版):
Sample:1. A representative part taken to typify the whole. 2. A subset of a population that is selected for inclusion in a research study. 看这两条就知道,Sample是代表全部/整体的其中一部分,是群体中纳入研究的部分。后者是前者的特化。这些含义是抽象的,与人体的组织、体液等具体物质无直接关联

Specimen:
  • A sample or part of things, or of several things, taken to show or to determine the character of the whole, as a specimen of urine.
  • A preparation of tissue for pathological examination or of a normal tissue, organ, or organism for study of its structure.


看这两条知道,首先很具体(things),然后1举例是生物,2就是生物学范畴。
综上可知,sample偏统计学的取样,偏抽象;specimen是检验科日常的生物样本,是具象。

中文中表达这个含义的有标本、样本、样品几个词。个人觉得,标本就挺好——标示本质。标本还包括生物学制作的示例品,乃至教具。如初中时学习生物学,老师会告诉我们如何捉一个蝴蝶,如何固定,如何做一个“标本”以示人。近几年有观点建议统一用样本。样本、样品和标本相比,个人感觉似乎二者离生物学更远一些。不过也不影响实际应用,无所谓的。个人写作,统一就好。本文用“样本”表示specimen,指代检验医学日常工作收到的各种具体的人源物质、人体取样。

众所周知,微生物在人体表面和开放腔道形成正常微生物群落(简称正常菌群),对人体有重要意义。于是,我们按照有无定植,分成两种情况。即正常有微生物的部位,和正常无微生物的部位。正常有微生物的部位包括皮肤、口到肛门整个消化道、上呼吸道和外耳道、阴道、尿道外口等;正常无微生物部位,英文是normally sterile body site/foci,normally sterile site/foci(NSS)。具体包括2种形态:①非液态的组织。不好采集;不好操作;是感染病诊断的金样本;②液体,即正常无微生物体液,英文normally sterile body fluid,normally sterile fluid(NSF)。

NSS中文常常作正常无菌部位。实际上,英文本意包括了病毒、寄生虫,这需要明确;NSF中文常常作正常无菌体液。一般包括血液;脑脊液;胸水、腹水、关节液、心包积液。这里,血液和脑脊液特殊,如果我们看到一些资料写“血液样本和NSF样本”,不要以为写错,或以为血液不属于NSF。其实只是特殊,突出强调而已。脑脊液同理。

另外,NSF是理论上的概念。比如血液在人体内,或胸膜腔间隙的液体在人体内时,正常情况下,没有微生物。而我们现实中拿到的液体,是有可能有微生物的。一方面,可能有感染(非正常);一方面,经皮穿刺时,皮肤会污染(非正常)。现实中,NSF仅指消毒后,经皮穿刺获得的样本,包括对应部位引流出的液体。

下面讨论具体的液体。

经皮穿刺脑脊液是NSF。刚刚(严谨是24hr内,宽松是48~72hr内)置入引流管获得的脑室引流液和脑室分流液是NSF,超过了24hr(或48~72hr)或明显污染,则不是NSF。

中耳液体是NSF。见文献Westerberg BD, Kozak FK, Thomas EE, Blondel-Hill E, Brunstein JD, Patrick DM. Is the healthy middle ear a normally sterile site? Otol Neurotol. 2009 Feb;30(2):174-7. doi: 10.1097/MAO.0b013e31819225a0. PMID: 19060773. 当然现实中,也是指穿刺获得的。

肺组织一般认为是无菌。咳痰/抽吸的痰液因受到口咽部污染,肯定不是NSF。支气管肺泡灌洗液BALF是必然被污染的样本,不是NSF,只是污染的程度轻。英文叫minimally contaminated(小有污染的)。

个人认为,胆汁不是NSF。正常情况下,胆道和肠道相通。这个需要解释一下。解剖上,胆道和肠道相通——这是公认。宏观上相通,微观上的细菌不进入,不太可能。只是进入而没有引起炎症罢了。这是推测。事实上,是没有数据。这个数据的获得需要健康人群的胆汁进行革兰染色、需氧培养、厌氧培养、微需氧培养、真菌培养、mNGS等检测,通过统计看微生物学分布。如果mNGS检测确实无菌,而且30例以上,那结论是无菌。但这样的实验,大家知道很难实施,结果相对意义也不太大。所以,这一部分是观念阙如。建议不按照NSF理解。事实上,国际上也不允许将胆汁注入体液增菌培养瓶,就是这个道理。

尿液,要根据具体情况区分。经无菌操作方式(如手术术中采集)获得肾盂尿液、输尿管尿液、膀胱尿液是NSF;自然排尿,必然被外尿道口污染,不是NSF。新插导尿管引流的的尿液是NSF;久置导尿管引流的尿液不是NSF。

其他的引流液,参见前面脑脊液部分!

腹膜透出液应作一下细分。透析前,还没使用的液体,叫透析液。透析后,出来的液体,叫透出液。以避免混淆。腹膜透出液是人体操作的结果,可以当作NSF来理解、操作、解释结果。

宫内液体是NSF。现实中,如果是无菌手术状态宫内直接吸取,则是NSF;如果是经阴道流出,则不是NSF,这时候其实不叫“宫内液体”,只是该液体和阴道液体的混合物。羊水,正常情况下NSF。

随着分子生物学的发展,有研究发现正常情况下羊水里有“细菌”。这对之前的NSF观念有一定冲击。不过也须细分。其实,这类分子生物学结果对应的是核酸。不是活的菌体整体。正常情况下,羊水里是没有活的菌体的。或者严格来说,还没有证据证明有活的菌体。

NSS样本(主要是NSF,还包括组织)结果解释时,机会致病菌比较容易区分定植/污染和感染相对容易。这也是为什么我们一贯推荐NSS,强调要重视它的原因。综合医院微生物学实验室的标本构成中,如果咳痰/抽吸痰标本排第一,乃至超半数,实际上说明了这家医院的感染病处置能力相对弱,抗感染能力有短板。感染病诊治能力真正良好的医院,是血培养第一,甚至占到一半。

以上把微生物检验样本作了简单梳理。欢迎讨论!
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图文:王小虾


发表于 2023-2-9 08:47:45 | 查看全部 IP:
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