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肠杆菌科(Enterobacteriaceae)隶属于细菌域,变形菌门,γ-变形菌纲,肠杆菌目。2005年伯杰分类细菌学手册第2版第2卷中描述的肠杆菌科有42个属,其中与医学有关的包括下列菌属:埃希菌属(Escherchia)、 志贺菌属(Shigella)、沙门菌属(Salmonella)、克雷伯菌属(Klebsiella)、肠杆菌属(Enterobacter)、沙雷菌属(Serratia)、变形杆菌属(Proteus)、普罗威登菌属 (Providencia)、摩根菌属(Morganella)、枸橼酸杆菌属(Citrobacter)、耶尔森菌属(Yersinia)、泛菌属(Pantoea)、邻单胞菌属(Plesiomonas)、布特维西菌属(Budvicia)、布丘杆菌属(Buttiauxella)、西地西菌属(Cedecea)、爱文菌属(Ewingella)、克吕沃菌属 (Kluyvera)、 莱克勒菌属 (Leclercia)、勒米诺菌属(Leminorella)、默勒菌属(Moellerella)、肥杆菌属(Obesumbacterium)、光杆菌属(Photorhabdus)、拉恩菌属(Rahnella)、塔特姆菌属(Tatumella)、特布尔西菌属(Trabulsiella)、致病杆菌属(Xenorhabdus)和约克纳菌属[Yokenella (koserella)]等。肠杆菌科DNA G+C含量为38~60mol%,代表菌属为埃希菌属。
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