血流感染头孢菌素耐药大肠埃希菌全基因组分析

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血流感染头孢菌素耐药大肠埃希菌全基因组分析：产CMY-2和携带blaCTX-M-15及blaCTX-M-27的ST131的高流行2018-01-25 肖婷婷 血流感染细菌监测BRICS

背景：分析澳大利亚，新西兰和新加坡描述来自血流感染（BSIs）的多重耐药大肠埃希氏菌（Escherichia coli）的特征。

方法：我们随机从2014年2月至2015年8月中收集了来自血液培养出第三代头孢菌素耐药（3GC-R）的大肠埃希菌。全基因测序（WGS）用于解析抗生素耐药基因、MLST、质粒和系统发育之间的关系。使用纸片扩散法和Etest法来验证抗生素敏感性。

结果：共包含70个3GC-R大肠埃希菌纳入本次研究，其中大部分为ST131（61.4％）。血流感染菌株最常见于泌尿来源（69.6％），社区相关（62.9％）及老年患者（中位年龄71岁）。 Pitt中位评分为1分，入住ICU不常见（3.1％）。 ST131比非ST131拥有更多的耐药基因（P = 0.003）。Clade C1 / C2 ST131占优势（分别为ST131的30.2％和53.5％），其均为环丙沙星耐药。所有Clade A ST131（n = 6）都是社区相关性感染。主要的ESBL类型是blaCTX-M（80.0％），与ST131（95％携带blaCTX-M）和blaCTX-M-15多数密切相关。CladeC1与blaCTX-M-14和blaCTX-M-27相关，而blaCTX-M-15在Clade C2中占优势。质粒介导的AmpC基因（主要是blaCMY-2）也多见（17.1％），但在来自新加坡和布里斯班的非ST131（P <0.001）分离株中更常见。两株同时携带blaCMY-2和blaCTX-M菌株，其大多数质粒复制子类型是IncF。

结论：在第三代头孢菌素耐药大肠埃希菌血流感染的前瞻性研究中，社区相关的Clade C1 / C2 ST131 与blaCTX-M ESBLs菌株中密切相关，尽管也有相当大比例非ST131菌株的携带blaCMY-2。