此次疫情的病毒基因全部来自猪流感病毒(PLoS ONE：流感病毒家族谱系研究获突破)

David

近来，从墨西哥暴发的人感染新的甲型H1N1流感病毒疫情，已经传播到多个国家，引起国际社会和公众的高度关注。其病原一开始被称为猪流感病毒。很多人对猪流感病毒、人流感病毒和近年来一直没有消停的禽流感病毒感到很困惑，它们之间到底存在哪些关系呢？近日，我国科研人员在这个重要问题上取得了重大突破，在国际上首次绘制了流感病毒两个重要基因的多样性全景图。通过这些全景图，人们可以准确定位任何一个流感病毒的毒株在流感病毒家族中的位置，从而为人类抗击这种病毒引起的人与多种动物疫病，包括当前人感染新的甲型H1N1流感病毒重大疫情，提供重要的技术支持。该项研究发表在国际知名学术刊物《公共科学图书馆·综合》（PLoS ONE）上。

据了解，流感病毒能够感染人、禽、猪、马以及一些海洋动物。流感病毒非常复杂，按照它表面的两个糖蛋白，流感病毒可以分为16个HA亚型和9个NA亚型，HA亚型和NA亚型的组合又形成数十个亚型，如H1N1、H3N2、H5N1等亚型。各亚型流感病毒因为时间、地理、宿主的不同以及不同毒株之间的基因“杂交”，形成了一个非常庞大而复杂的流感病毒家族。这使得准确界定某个流感病毒在家族中的位置，判定它的来龙去脉，非常困难。为此，迫切需要描述这个家族全貌的全景图，就像首次来北京旅游的人需要一张完整的北京市地图一样。

然而，描绘全景图非常困难。2008年，中国动物卫生与流行病学中心研究人员陈继明带领一个团队，用了4个多月的时间，动用6台计算机，分析了GenBank中存在的23000个基因序列，同时参考了400多篇关于流感病毒的研究论文，在国际上首次描绘了流感病毒HA基因的全景图和NA基因的全景图。

在技术上，这些全景图经过国际专家的两轮严格审查，新近发表在国际知名学术刊物PLoS ONE上。

陈继明说：“作为一个流感病毒研究者，在国际上首次画出这样的全景图，此生已无遗憾，同时也非常高兴这个全景图已经在这次全球抗击人类出现的流感新疫情发挥了重要作用。”

美国在公布这次北美毒株的序列后数小时内，陈继明的研究小组就准确地把它所有的基因都界定为猪流感病毒的基因，但是来自不同的猪流感病毒的基因，否定了国外有关方面认为北美毒株是禽流感病毒、猪流感病毒和人流感病毒的“杂合体”之说。陈继明的研究小组结论和美国疾病控制中心最早的学术报告，以及4月30日国际传染病学会公布的专家小组的分析结果是完全一致的。

陈继明介绍：“有关方面之所以认为北美毒株是禽流感病毒、猪流感病毒和人流感病毒的‘杂合体’之说，就是因为他们参考的是一些‘局部图’，而不是全景图。借助这些全景图，专家还准确界定了中国近年来各个实验室分离到的猪流感病毒在家族中的位置，肯定了中国猪群中存在的一些猪流感病毒都是普通的猪流感病毒，从未发现北美的新毒株。这些结果为农业部准确研判疫情形势、确定猪群流感的监测重点地区以及研制有关的检测试剂提供了重要的参考依据。”

据了解，应墨西哥等有关专家的邀请，陈继明研究组将公布他们在制作全景图过程中产生的一些详细而庞大的数据，以便为有关方面提供更具体的参考信息。（生物谷Bioon.com）

生物谷推荐原始出处：

PLoS ONE 4(3): e5022. doi:10.1371/journal.pone.0005022

Panorama Phylogenetic Diversity and Distribution of Type A Influenza Virus

Shuo Liu1#, Kang Ji1,2#, Jiming Chen1*, Di Tai1,2, Wenming Jiang1, Guangyu Hou1, Jie Chen1, Jinping Li1, Baoxu Huang1

1 The Laboratory of Animal Epidemiological Surveillance, China Animal Health & Epidemiology Center, Qingdao, China, 2 College of Veterinary Sciences, University of Northeastern China, Harbin, China

Background

Type A influenza virus is one of important pathogens of various animals, including humans, pigs, horses, marine mammals and birds. Currently, the viral type has been classified into 16 hemagglutinin and 9 neuraminidase subtypes, but the phylogenetic diversity and distribution within the viral type largely remain unclear from the whole view.

Methodology/Principal Findings

The panorama phylogenetic trees of influenza A viruses were calculated with representative sequences selected from approximately 23000 candidates available in GenBank using web servers in NCBI and the software MEGA 4.0. Lineages and sublineages were classified according to genetic distances, topology of the phylogenetic trees and distributions of the viruses in hosts, regions and time.

Conclusions/Significance

Here, two panorama phylogenetic trees of type A influenza virus covering all the 16 hemagglutinin subtypes and 9 neuraminidase subtypes, respectively, were generated. The trees provided us whole views and some novel information to recognize influenza A viruses including that some subtypes of avian influenza viruses are more complicated than Eurasian and North American lineages as we thought in the past. They also provide us a framework to generalize the history and explore the future of the viral circulation and evolution in different kinds of hosts. In addition, a simple and comprehensive nomenclature system for the dozens of lineages and sublineages identified within the viral type was proposed, which if universally accepted, will facilitate communications on the viral evolution, ecology and epidemiology.

七星瓢虫

好像也没说清“此次疫情的病毒基因全部来自猪流感病毒”啊？如果真的象题目所述，那还是没冤枉猪啊，称猪流感没错！;P