人体的消化道、上呼吸道、皮肤表面、外生殖器、眼结膜与外耳道等有大量的细菌寄生。
大肠是人体最大的贮菌库,有400 余种,数量达到10[sup]11[/sup]~10[sup]12[/sup]个。占人体生物系统的80 %左右, 其中95 % 以上是正常菌群(主要是厌氧菌)或称有益菌。
胃内正常菌为需氧菌,革兰染色大多呈阳性。细菌浓度<103CFU/ml , 主要分离菌为链球菌、葡萄球菌、 乳酸杆菌和真菌。而肠杆菌科细菌、梭状杆菌、类杆菌则极少见。
小肠上段正常菌群与胃相似。
空肠细菌浓度<10[sup]3[/sup]CFU/ml,主要仍为革兰阳性的需氧菌,也分离到肠杆菌科细菌和厌氧菌。
空肠末端细菌浓度为10[sup]3[/sup]~10[sup]7[/sup]CFU/ml, 以革兰阴性为主肠杆菌科细菌持续存在,而厌氧菌、双歧杆菌和梭状芽孢杆菌已大量存在。
在结肠,细菌浓度大量增加,达 10[sup]11[/sup]-10[sup]12[/sup]CFU/ml 。
粪便干重的1/3为活的细菌,厌氧菌的数量超过需氧 100~100 000倍,主要菌种为类杆杆菌、双歧杆菌和真杆菌。 厌氧球菌包括消化球菌、消化链球菌以及肠球菌等,以及肠杆菌科细非常多见。
正常菌群对保持人体微生态平衡和内环境稳定有重要作用。主要为①参与物质代谢、营养转化与合成、胆汁代谢、 胆固醇代谢和激素转化等;②作为抗原刺激机体产生抗体,增强机体免疫功能。