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本帖最后由 细菌耐药 于 2013-12-29 11:00 编辑
去年，我有发过两个介绍同源性分析技术的帖子： 2.同源性分析技术专题之RFLP 同源性分析技术对于判断医院感染爆发非常重要，为了大家直观地比较，我把几个常用的同源性分析技术的概念在本贴进行对比： （1） PFGE:英文全称是pulsed field gel electrophoresis，中文为脉冲场凝胶电泳技术。是指用限制性核酸内切酶处理病原菌DNA后会产生多种不同大小的片段DNA（如10~800 kb）。在电场方向周期改变（脉冲）的凝胶电泳条件下，这些DN***段能被有效分离，获得被分离DNA的指纹图谱。通过比较图谱可以进行病原菌同源性研究。 优点：具有很高的分辨率。 缺点：实验耗时长。 （2）RFLP:英文全称是Restriction fragment length polymorphism，中文是限制性片段 长度多态性分析。是指由于限制性内切酶在DNA分子有特定的酶切位点，根据其识别序列的位置和数量，可以把大小相似而序列有差异的DNA切割成不同的片段，通过核酸电泳将长度不等的DN***段分离而显示其长度多态性（片段的大小），最后通过限制性长度多态性分析来判定 DNA分子是否存在某种突变，称RFLP。 （3）RAPD：英文全称是random amplified polymorphic DNA；中文是指随机扩增多态性DNA技术。是指设计一系列任意核苷酸序列（10个碱基）作为引物，通过与模板DNA序列随机配对，在较低的退火温度下进行PCR扩增。 • 优点：简单性、快捷性，多用于医院感染暴发时分子流行病学调查。 • 缺点：分型结果在不同实验室差异大，分辨力不如PFGE。 （4）MLST：英文全称是multi-locus sequencing typing；中文是指多位点序列分型技术。 MLST技术对于每个菌株都要选择一定数量的管家基因，通过PCR的方法扩增其内部片段，并测序检测扩增产物，测序结果提交到公用的MLST数据库，与数据库中已知信息匹配，获得这些管家基因的等位编号，从而确定病原菌型别。 （5）repetitive PCR，重复序列PCR。短片段重复序列在细菌基因组中广泛分布，且具有一定保守性，利用短片段重复序列设计引物，进行PCR扩增并比较产物电泳结果，可分析菌株间基因组存在的分子流行病学关系。Rep-PCR的分辨力仅次于PFGE，但两者之间有很好的关联度。该技术对于大量或少量菌株分型均适用，简单易行，再现性好。
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发表于 2013-12-23 01:04
