【感染科普笔记2023-9-27】顾兵丨呼吁“大微生物”理念：助力感染诊治
本帖最后由 吴晓梅 于 2024-9-27 15:59 编辑讲者丨顾兵（广东省人民医院 ）
整理丨薛彩霞（青岛市黄岛区中心医院）
审核丨付盼（上海复旦大学附属儿科医院）
来源丨SIFIC 2023“全国感控与耐药感染”联合大会
微生物检验在感染性疾病的精准诊断和治疗以及细菌耐药性监测等方面发挥着不可替代的作用，为了使微生物检验在相关的领域发挥更大的作用，国内一些专家提出了“大微生物”的理念。在SIFIC 2023“全国感控与耐药感染”联合大会上来自广东省人民医院顾兵教授，对“大微生物”理念的实施进行了解读，相信对促进大微生物理念的实施，会有极大的促进作用。
什么叫大微生物？多数人认为感染性疾病的诊断就是微生物专业组的事情，但是事实上还包括免疫血清学专业和分子生物学专业。然而检验科的这三个专业组彼此之间沟通、学术交流很少，需要内部整合，加上外部包括感染性疾病科、呼吸科、重症医学科、药学等也需要交流，所以把它们加在一起就是大微生物的概念，基于这样的思考，在广东省成立了微生物与临床感染专委会，以上专业全部在其中，共同参与跟临床的沟通。在全国层面成立了一个专委会，主要邀请了国内微生物优秀人才一起来交流。
大微生物的理念，首先是大平台带动大团队、大学科、大时代、有大作为。针对临床的一些沟通，解决更多的问题。从以下五个方面阐述“大微生物”的理念。
一、微生物标本正确采集
标本的正确采集，从UCLA血培养说起，血培养需要专人、专用场地、专用的净化台。根据血培养送检国际指南，成人的血培养永远不能送单瓶。
根据国家卫健委医院管理研究所关于进一步推进“提高住院患者抗菌药物治疗前病原学送检率”专项行动的函（国卫医研函126号），血培养送检指征有以下规定：疑似血流感染：如 1.T≥38.5℃伴肺炎；2.T≥38.5℃伴留置中心静脉导管 ≥2d；3.T<36℃、寒战、低血压、少尿或高乳酸水平等一种或多种症状，均应送检血培养。血培养采集要求：成人每次采集血培养应两套双侧双瓶，每套包含需氧瓶+厌氧瓶，每瓶采血量 8～10ml；儿童和细菌性心内膜炎血培养采集可参考《临床微生物实验室血培养操作规范》标准及相关专家共识。
微生物标本正确采集建议
[*]加强并积极推进血培养规范送检；90%医院血培养送检都是单瓶；
[*]降低痰标本送检率，提高肺泡灌洗液送检；
[*]关注标本采集与送检指导。
呼吁加强血培养规范的送检，降低痰标本送检率，血培养：痰培养比例10:1是比较规范的，但我国1:1都有难度，所以需要大家共同的努力。
二、重视寄生虫检验工作
“细菌室”这个称呼相对比较狭隘，临床微生物室不等于细菌室。UCLA寄生虫检验阳性率可高达10%左右。疟疾检测 ：厚涂片和薄涂片，每张片子在显微镜下至少看到300个视野，这样一个经验丰富的寄生虫专家需要花2个小时才能发一张报告。寄生虫检验不容忽视，国内实验室不重视寄生虫检验的原因：复杂的操作，没有可观的经济效益。如果国家不重视寄生虫检验专业人才的培养，将来这方面的专家会越来越少。
三、病原检测技术应用
微生物质谱检测新技术的发展是微生物鉴定领域的一次质的飞跃，大大提高了病原检测新技术，革兰阳性菌、肠杆菌科、苛养菌、厌氧菌、真菌的质谱检验在鉴定准确率都达到了92%以上。
2013年VITEK MS专刊暨关于VITEK MS质谱综述论著对该项技术进行了详细的介绍，让国际同行了解本领域的学术发展。
2014年团队收获了1篇综述和7篇论文。质谱技术应用使临床获得很大受益：感染的早期诊断；改善临床预后；降低发病率和死亡率；抗生素合理选择；增强抗生素的管理；启动适当的感染控制措施。
抗生素耐药研究新策略：MALDI-TOF MS+梯度微流控芯片；抗生素耐药性研究：鉴定不同形态细菌的差异蛋白；抗生素处理前后蛋白的MALDI-TOF 质谱图；对CR-KP鉴定出8种蛋白质生物标志物。
宏基因组学：病原宏基因组检测（mNGS）无需预设，无需培养，无偏好性，直接提取临床样本中的DNA/RNA，进行高通量测序，经过专用病原数据库比对与生信分析，一次性完成1万多种细菌、真菌、病毒和寄生虫等病原体的检测。全基因检测测序（WGS）可以检出单个菌株，宏（Meta）基因组可以检出原始标本多种微生物。总之mNGS联合传统检测，提高病原体检出率，有助于提高患者的治疗成功率。
宏基因组学检测适应症：
[*]疑“难”，不明原因发热，新发/罕见病原，混合感染。
[*]危“重”重症肺炎、脑膜炎、脓毒症等；“特”殊，器官移植、肿瘤患者、免疫缺陷/低下人群。
四、常态化对话临床机制，开展临床交流，共创医技共赢
微生物和临床的交流，可以达到医技共赢，如定期发布耐药菌监测数据，在科室和专业层面开展与临床科室定期的沟通会；针对具体病例进行实时沟通，基于新进展进行定期学术交流。2021年我们实验室走进26个临床科室全年共计交流52次；2022年走进41个临床科室全年共计交流108次。
五、学科交叉组特色发展，促进学科发展
国家政策导向，2020年11月。中央编办批准基金委成立交叉科学部，2021年中央深改委第十八次会议将健全完善突发重特大公共卫生事件中检验检测上升为国家战略，学科交叉融合大势所趋，引起全球广泛关注，机遇与挑战并存。迎合时代发展，首次提出在检验科设立“学科交叉组”符合国家发展的战略要求。
学科交叉组任务与使命：在全国检验领域率先成立学科交叉组，有15名成员组成，团队的目标：医教研用。研发LDT项目，临床检验、生物材料、计算机等多学科交叉合作。团队将临床项目、仪器平台、研究领域紧密结合，LDT项目将临床沟通、辅助功能、对外合作、科学研究有效的整合。
学科交叉组的发展历程：2021年5月25日成立全国检验领域学科交叉组，2022年1月15日主办了“第一届检验医学交叉学科论坛”，2022年3月21日主办了“第二届检验医学交叉学科论坛”，2022年9月13日主办“线上交叉第一期-医学大数据的融合和应用”
六、诊断产品研发
[*]基于适配体和凝集素双识别的SERS新技术，关注新技术新方法，关注临床；
[*]单线检多种目标分析物的SERS免疫层析技术，灵敏度得到提升；
[*]研发基于氧化石墨烯的三维荧光量子点免疫层析技术，接近甲流和腺病毒的PCR检测；
[*]研发新冠变异株快速分型的等温扩增技术，1小时测新冠，应急项目30分钟解决；
[*]构建基于宏基因测序的云端毒力因子分析体系，毒力因子报告；
[*]真菌tNGS技术的建立、验证与临床转化，真菌破壁困难，优化破壁方法提高检出率；真菌感染丰度比细菌和病毒低，通用引物（如ITS、18S等）广覆盖；数据库真菌基因组完整度太低，特异引物（如Afl、cyp51A等）一种间鉴定。
[*]感染性心内膜炎的数字PCR定量检测panel，克服了血培养检测慢、灵敏性低的缺点，我们科室免费主办了“第一届检验医学交叉学科论坛”，并合作研发基于ddPCR的感染性心内膜炎 (E）12种病原体定量检测试剂盒，旨在3h内实现引起E的常见病原体的灵敏特异，快速、多靶检测。
在前瞻性队列中验证发现，该云端体系能实现高毒力肺克的快速和准确预测，合作开发了欧亚地区第一免费开源、用户界面友善，操作简单的在线分析工具，无需组装，直接运用mNGS数据分析重要临床病原体的关键毒力因子，构建预测模型预测高毒力菌株。
小 结
大微物学的理念，要为临床提供精准治疗，必须要有真正的病原学诊断，病原学诊断不能停留在细菌、真菌或者是免疫学上。不能停留在自己重视的工作上，一定要把我们检验医学工作综合考虑，给患者提供明确的诊断，给临床医生提供病原学依据，临床医生能正确诊治。希望大微生物学的理念在不久的将来，让大家所能够掌握和学习。
总之，学科交叉促进学科发展，立项数创新高，科室立项经费增长4倍，2022年获国家自然科学基金4项，位居全国第六；2022年获国家重点研发计划1项（应急专项）；国家、省级、市级重点项目全覆盖；2022年获各级科研项目金额589万，比2021年增长3倍。论文影响4倍增长，论文质量显著提升；2021年SCI论文14篇，2022年31篇，增长2.2倍；2021年影响因子77.8,2022为207.6，增长2.67倍；2022年中科院1区论文10篇，较前两年之和的5倍。
爱集体、正能量、讲团结、抓落实、广合作等科室文化，充分体现科室是一群积极向上，注重自身发展、传递正能量、积极与临床沟通，以病人为中心开拓创新。
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封面图片来自网络图文：王小虾
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