宋振举丨NGS对于脓毒症病原体早期诊断价值、前瞻性、多中心、观察性研究
本帖最后由 吴晓梅 于 2024-9-28 10:33 编辑讲者丨宋振举（复旦大学附属中山医院）
整理丨李振欣（辽宁省肿瘤医院）审核丨秦海燕（昆明市第一人民医院）来源丨SIFIC 2022“全国感控与耐药感染”联合大会
NGS对于急危重症，疑难，免疫抑制宿主的病原体诊断具有重要的临床价值。来自复旦大学附属中山医院的宋振举教授详细介绍了一项由全国19家三甲医院参加的NGS对于脓毒症病原体早期诊断价值、前瞻性、多中心的观察性研究。详细介绍纳入标准及研究结果分析，样本类型统计、不同检测流程的阳性检出率、以及不同类型标本的阳性结果检出解读。NGS阳性结果解读应充分结果临床。
一、背景2019年12月在上海启动，全国共有19家三甲医院参加，研究入组928例，临床研究注册(ChiCTR2000031113)。
二、临床信息收集
[*]入ICU第1天：患者人口学资料、基础疾病、吸烟史、感染部位、APACHEⅡ、SOFA、自身免疫性疾病、免疫抑制剂的使用、生命体征、机械通气情况、血常规、肝肾功能和炎性标志物、凝血全项、常规病原体培养、临床病原体诊断、抗感染方案、抗病毒治疗方案、入住ICU时间。
[*]入ICU第7天：感染部位、APACHEⅡ、SOFA、生命体征、机械通气情况、血常规、肝肾功能和炎性标志物、凝血全项、常规病原体培养、临床病原体诊断、抗感染方案、抗病毒治疗方案。
[*]入ICU第14天：感染部位、APACHEⅡ、SOFA、生命体征、机械通气情况、血常规、肝肾功能和炎性标志物、凝血全项、常规病原体培养、临床病原体诊断、抗感染方案、抗病毒治疗方案。
[*]观察终点：撤出ICU时间、28天生存率、死亡时间、死亡原因、住院总费用。
入组人数及检测样本统计
[*]入组性别分布：入组患者中男性总人数542(65.9%)人；女性总人数281人，整体入组男性较女性多，男女间年龄没有显著差异，中位数50-75岁。
[*]入组患者28天生存死亡情况：总死亡人数：205，死亡率24.9%。
临床送检样本类型及统计
不同测序流程的阳性检出率
各样本类型阳性检出率比较
三、检测结果1.血液病原体DNA测序检出情况（n=1184）检出样本数最多的前15个病原体依次是：CMV，EBV，肺炎克雷伯菌，HSV1，大肠埃希菌，鲍曼不动杆菌，人类细小病毒B19，铜绿假单胞菌，人类疱疹病毒6B型，JC多瘤病毒，金黄色葡萄球菌，屎肠球菌，粪肠球菌，白色念珠菌，嗜肺军团菌。
2.血液病原体RNA测序检出情况(n=87)血液中RNA检出的病原体包括：CMV，乙型肝炎病毒，EBV，肺炎克雷伯菌，汉坦病毒，HSV1，人类细小病毒B19，嗜麦芽窄食单胞菌，细环病毒，医院不动杆菌。
3.痰液病原体DNA测序检出情况(n=360)检出样本数最多的前15个病原体依次是：白色念珠菌，EBV，人类疱疹病毒7型，鲍曼不动杆菌，HSV1，肺炎克雷伯菌，粪肠球菌，CMV，副流感嗜血杆菌，金黄色葡萄球菌，热带念珠菌，人类疱疹病毒6B型，大肠埃希菌，光滑念珠菌，格式乳杆菌。
4.肺泡灌洗液病原体DNA测序检出情况(n=190)检出样本数最多的前15个病原体依次是：白色念珠菌，鲍曼不动杆菌，肺炎克雷伯菌，HSV1，细环病毒，CMV，屎肠球菌，EBV，铜绿假单菌，人类疱疹病毒7型，嗜麦芽窄食单胞菌，金黄色葡萄球菌，副流感嗜血杆菌，粪肠球菌，光滑念珠菌。
5.尿液病原体DNA测序检出情况(n=160)检出样本数最多的前15个病原体依次是：JC多瘤病毒，大肠埃希菌，白色念珠菌，人类疱疹病毒6B型，光滑念珠菌，BK多瘤病毒，CMV，肺炎克雷伯菌，粪肠球菌，热带念珠菌，EBV，解脲支原体，鲍曼不动杆菌，脆弱拟杆菌，短双歧杆菌。
6.咽拭子病原体DNA测序检出情况(n=75)检出样本数最多的前15个病原体依次是：白色念珠菌，EBV，HSV1，人类疱疹病毒7型，鲍曼不动杆菌，粪肠球菌，副流感啫血杆菌，光滑念珠菌，屎肠球菌，肺炎克雷伯菌，热带念珠菌，铜绿假单胞菌，金黄色葡萄球菌，CMV，细环病毒。
7.脑脊液病原体DNA测序检出情况(n=62)脑脊液检出的病原体包括：EBV，人类细小病毒B19，肺炎克雷伯菌，CMV，肺炎链球菌，HSV1，铜绿假单胞菌。
8.胸水病原体DNA测序检出情况(n=55)检出样本数最多的前15个病原体依次是：肺炎克雷伯菌，EBV，细环病毒，中间普氏菌，具核梭杆菌，铜绿假单胞菌，牙髓卟啉单胞菌，中间链球菌，星座链球菌，微小微单胞菌，伴放线凝聚杆菌，鲍曼不动杆菌，害肺小类杆菌，啮蚀艾肯菌，HSV1。
9.引流液病原体DNA测序检出情况(n=50)检出样本数最多的前15个病原体依次是：肺炎克雷伯菌。大肠埃希菌，粪肠球菌，CMV，微小微单胞菌，细环病毒，中间普氏菌，单形拟杆菌，屎肠球菌，星座链球菌，鲍曼不动杆菌，脆弱拟杆菌，胆怯艰难杆菌，具核梭杆菌，卵形拟杆菌。
10.腹水病原体DNA测序检出情况(n=41)检出样本数最多的前15个病原体依次是：白色念珠菌，肺炎克雷伯菌，屎肠球菌，大肠埃希菌，粪肠球菌，阴沟肠杆菌复合群，鲍曼不动杆菌，解脲支原体，金黄色葡萄球菌，卵形拟杆菌，EBV，CMV，幽门螺杆菌，产黑色普氏菌，脆弱拟杆菌。
11.DNA和RNA的检出率与阳性率阳性结果的解释应充分结合临床，其相关性值得进一步分析、探索。
12.呼吸道微生态微生态与轻重度病程有明显的相关性APTT、ASOP、患者激素的使用情况、呼吸道微生态多样性指标、肺炎链球菌等对病程预后的预测起到重要作用。根据肺泡灌洗液呼吸道微生态变化的研究，与炎症及细胞增殖相关如影响Ｔ细胞激活、粘附等基因及通路与呼吸道微生态有明显的相关性。进一步研究表明，痰液和泡灌洗液中的FDCSP、HTN1、HTN3、LCN1、OPRPN、STATH与病情的严重程度及预后相关。中性粒细胞和白介素10与患者肺部病程严重程度相关。说明，肺部的微生态变化与免疫变化有相关性。
小结
[*]新技术推动学科发展。
[*]开展多中心合作提高临床研究质量。
[*]NGS对于急危重症，疑难，免疫抑制宿主的病原体诊断具有重要的临床价值。
[*]结合临床正确解读结果是用好NGS的关键。
封面图片来自网络图文：王小虾分享收藏点赞在看
学习了，谢谢老师们的分享
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