【感染科普笔记2023-4-3】张文宏丨用感控科研支撑精准院感防控
本帖最后由 wuxing718 于 2024-9-28 13:11 编辑张文宏丨用感控科研支撑精准院感防控https://mp.weixin.qq.com/s/RyHwMklo1NlMG-Ow3AFDXA
讲者丨张文宏 （复旦大学附属华山医院感染科）
整理丨老桂诗（佛山复星禅诚医院）责编丨蓝雪0816来源丨2022年SIFIC暨OCAMRI联合会议
三年的新冠疫情防控，把感控工作提到了前所未有的高度，但也对感控工作提出了更高的要求。很多医院尤其基层医院的感控工作还停留在基础感控阶段，仅满足于完成日常的手卫生监测、环境卫生学监测、消毒隔离、医疗废物管理等工作，但对于如何开展有效的医院感染监测，如何调查医院感染的发生、传播，如何对多重耐药菌的传播进行管理等为能高效规范开展。诚然，基础感控是感控工作的基石，但仅有基础感控是不够的。在目前的形势下，利用各种先进的理念和技术来实施精准的院感防控，才能让我们的感控工作做得更好，走得更远。在2022年SIFIC年会上，复旦大学附属华山医院感染科张文宏教授针对如何利用宏基因组测序技术开展精准的院感防控提出了自己的看法。
精准院感防控的现状针对感染防控工作，世卫组织制定了全方位覆盖的感染防控措施，也推出很多相关指南。目前，国内也是按照世卫组织制定的防控策略开展多方面的院感工作，特别是围绕手卫生、患者隔离、环境消毒、环境性的监测等方面做了大量扎实的工作，也取得了很好的成果。今后，我国在多模式的防控策略这方面应该做得更好更细。
众所周知，国际上感控的强化干预措施是一个综合的防控措施，实践证明，这些综合防控措施取得了较好的防控效果。以以色列为例，该国在强化院感干预以后，医院的院感发生率出现大幅度的下降。在我国表面上貌似如此，但事实并非如此。大家都说自己院感做得不错，但目前数据显示全国CRE感染比例逐年升高，事实与自我感觉存在较大的反差。几乎所有人都把CRE感染率高的问题归因到抗菌药物的过度使用，但事实并非如此。CRE的产生和抗菌药物的使用以及院感之间存在什么关系？如何证明这种关系？华山医院感染团队利用宏基因组测序技术对此开展了系列的研究。
宏基因组测序技术在精准院感防控中的应用基因组技术是国际上近几年比较热门的一项新技术，虽应用时间不长，却已成为精准院感防控中一个极其重要的临床应用。华山团队从2015年开始对疑难感染病进行基因组的研究，特别是在2016～2018年期间，团队花了大量的精力在疑难感染病特别是发热待查这一类疾病的病原菌诊断的工作上。最近几年，团队更关注精准的院感防控问题。抗菌药物的合理使用、院感的传播途径、院感的阻断等都与精准院感防控有着密切的关系。国际上也提出通过比较基因组学、基因组特征分析、表型组学的研究等进一步对院感以及耐药菌的发生和传播机制进行研究。01案例1
2018年新英格兰医学杂志上发表的一篇文章，报道了美国的一个院内感染暴发事件，该事件共有12个人发生感染并导致3人死亡，环境采样培养结果提示鞘氨醇单胞菌属阳性，该菌属于环境菌，它是如何进入院内并发生传播的呢？当时通过宏基因组测序技术发现是水管污染的水混入医疗用水里面导致了该菌在院内的传播。最终通过对水管添加含氯消毒剂进行消毒以后，院内再无类似病例出现。宏基因组技术对搞清楚细菌的传播路径功不可没。这个案例提醒我们，内镜等医疗器械的消毒都可能受到水源污染的影响，值得关注。特别近几年国内也发生了多起非结核分枝杆菌的感染事件，事实上像这种环境菌引起的传播与感染是临床上比较重要的一个院感来源，而我们对于这些院感来源的分析仍多半停留在细菌表型的分析、耐药谱的分析等，然后据此做出一些判断，但随着宏基因组测序技术的的日益成熟和广泛应用，该技术在院感精准防控中也必将发挥更大的作用。02案例2
2018年美国报道了一例养老院内发生的耳念珠菌脑膜炎的院内感染暴发事件。全美对于分离出来的耳念珠菌进行了宏基因组的检测，发现这个菌株呈现成簇性分布，且对氟康唑耐药，最后确定了是耳温计污染后导致了院内传播。后来世界范围内包括我国复旦大学生科院黄广华教授在内的专家也纷纷对该菌开展了研究，王广华教授鉴定了我国的第一个耳念珠菌菌株，后来国内其他单位对该菌进行的研究发现中国的耳念珠菌对氟康唑的耐药率是非常低的，这提示耳念珠菌在全球的分布是有地域区分的，而且在各个国家的进化和耐药性也存在一些不同，基因组有也有区别。从上述案例可以看出，宏基因组技术不仅搞清楚了耳念珠菌的分布情况，更加关键的是把细菌传播的路径搞清楚了，这对后期实施精准防控起到了决定性的作用。03案例3
在国内，华山感染团队一直比较关注CRE感染的问题。团队始终认为CRE的传播不仅是因为抗菌药物的使用过度，更多是院内传播引起，但如何证明？就像2022年诺贝尔生物奖获得者帕博证明了人类与尼安德特人基因组的重合，获奖的关键是他拿到了基因的证据。对于CRE的感染传播问题，基因的证据也是关键的一环。2018年以后团队开始对在医院里的CRE特别是CRKP进行了追踪，最终发现医院里面CRKP发病率是比较高的，且存在几处的集中传播。团队通过宏基因组的测序技术不单搞清楚了细菌在院内传播的路径，还看到质粒在整个医院内传播的过程当中存在交换的现象。通过成簇的基因组学的检测，发现CRKP在院内有两个传播路径：一是耐药菌株在院里的传播，二是耐药质粒的传播。这些传播路径的鉴定都是通过宏基因组的测序技术来实现的。除此之外，团队还通过ICU病房暴发的CRKP感染进一步对全院的CRKP的传播和成簇情况进行了梳理，发现了CRKP呈现成簇性分布，在三级医院CRKP菌株成簇率达到60%，且整个医院CRKP以ST11为主，因此获得一个结论：国内CRKP的感染率上升是非常严重的且与院内传播相关。CHINET的数据显示CRKP的感染率很高，大家传统观念都认为是抗菌药物滥用造成的，但从上述的研究中我们发现其实耐药菌在院内的传播发挥了更重要的作用。04案例4
院感的发生到底是输入的细菌引起的传播？还是院内已经存在的一个持续传播的耐药菌？华山感染团队对此进行了分析。对基因的SNP和成簇性进行全面的分析后，发现很多在院内的CRE或者CRKP的成簇性分布存在的流行病学的关联，而输入性的菌株是没有流行病学关联的，短期内成簇性改变与院感的发生、传播有明确关系。团队在ICU中发生CRKP暴发的病房进行环境采样，对患者及环境中的CRKP做了一个比较，发现患者感染细菌与环境细菌基因组存在同源性，因此可看出院感的发生不仅与医护的医疗操作过程有关，还与环境菌的传播有关，深度采样发现环境是传播媒介以及传播可能的驱动力来源。对于环境物表，手卫生、工作服等进行深度采样，我们基本上就可以明确医院成簇分布的院感暴发大概是什么原因引起的。通过宏基因组测序的技术基本上可以明确医院里面的传播路径，究竟是以CRE的耐药菌株传播为主还是抗菌药物的滥用导致细菌耐药性的逐步递进发生为主。事实上医院里同类基因型耐药性的递增是通过质粒的传播带来的，所以在临床上整个CRE的发生与抗菌药物特别是碳青霉烯类的过度使用有关，但同时与整个耐药菌的传播以及质粒的交换传播都存在着一定的关系。结 论目前，大家都高度重视医院感染问题，但有时候这仅是表面现象，实际上对于院感发生的原因没有调查清楚。因此，张教授建议在院感工作中要充分应用目前比较成熟的基因检测技术，慎重、准确、明智地应用当前所能获得的所有科学证据，以及最佳研究依据，结合指南和当地医院的具体情况，采取个体化的院感防控措施，实施精准院感防控。
个人感悟 最近三年我们感控人把大量时间花在了疫情防控上，在目前防疫政策已放开的大环境下，我们必须要回归感控的本质工作，利用三年疫情防控的经验，通过对院感关键环节的监测，利用新技术、新理念为院感工作赋能，而不是仅停留于低水平的基础感控工作当中。感控工作既要脚踏实地，也要仰望星空。
图文：王小虾
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