第十六期 探秘病原微生物专栏丨论微生物检验的样本和标本
本帖最后由 小雨飞飞 于 2023-6-30 11:29 编辑首先看英文词，常用的有sample和specimen。其他词汇，罕有使用。多兰医学辞典（第29版，即世纪版）：Sample：1. A representative part taken to typify the whole. 2. A subset of a population that is selected for inclusion in a research study. 看这两条就知道，Sample是代表全部/整体的其中一部分，是群体中纳入研究的部分。后者是前者的特化。这些含义是抽象的，与人体的组织、体液等具体物质无直接关联。
Specimen：
[*]A sample or part of things, or of several things, taken to show or to determine the character of the whole, as a specimen of urine.
[*]A preparation of tissue for pathological examination or of a normal tissue, organ, or organism for study of its structure.
看这两条知道，首先很具体（things），然后1举例是生物，2就是生物学范畴。综上可知，sample偏统计学的取样，偏抽象；specimen是检验科日常的生物样本，是具象。
中文中表达这个含义的有标本、样本、样品几个词。个人觉得，标本就挺好——标示本质。标本还包括生物学制作的示例品，乃至教具。如初中时学习生物学，老师会告诉我们如何捉一个蝴蝶，如何固定，如何做一个“标本”以示人。近几年有观点建议统一用样本。样本、样品和标本相比，个人感觉似乎二者离生物学更远一些。不过也不影响实际应用，无所谓的。个人写作，统一就好。本文用“样本”表示specimen，指代检验医学日常工作收到的各种具体的人源物质、人体取样。
众所周知，微生物在人体表面和开放腔道形成正常微生物群落（简称正常菌群），对人体有重要意义。于是，我们按照有无定植，分成两种情况。即正常有微生物的部位，和正常无微生物的部位。正常有微生物的部位包括皮肤、口到肛门整个消化道、上呼吸道和外耳道、阴道、尿道外口等；正常无微生物部位，英文是normally sterile body site/foci，normally sterile site/foci（NSS）。具体包括2种形态：①非液态的组织。不好采集；不好操作；是感染病诊断的金样本；②液体，即正常无微生物体液，英文normally sterile body fluid，normally sterile fluid（NSF）。
NSS中文常常作正常无菌部位。实际上，英文本意包括了病毒、寄生虫，这需要明确；NSF中文常常作正常无菌体液。一般包括血液；脑脊液；胸水、腹水、关节液、心包积液。这里，血液和脑脊液特殊，如果我们看到一些资料写“血液样本和NSF样本”，不要以为写错，或以为血液不属于NSF。其实只是特殊，突出强调而已。脑脊液同理。
另外，NSF是理论上的概念。比如血液在人体内，或胸膜腔间隙的液体在人体内时，正常情况下，没有微生物。而我们现实中拿到的液体，是有可能有微生物的。一方面，可能有感染（非正常）；一方面，经皮穿刺时，皮肤会污染（非正常）。现实中，NSF仅指消毒后，经皮穿刺获得的样本，不包括对应部位引流出的液体。
下面讨论具体的液体。
经皮穿刺脑脊液是NSF。刚刚（严谨是24hr内，宽松是48～72hr内）置入引流管获得的脑室引流液和脑室分流液是NSF，超过了24hr（或48～72hr）或明显污染，则不是NSF。
中耳液体是NSF。见文献Westerberg BD, Kozak FK, Thomas EE, Blondel-Hill E, Brunstein JD, Patrick DM. Is the healthy middle ear a normally sterile site? Otol Neurotol. 2009 Feb;30(2):174-7. doi: 10.1097/MAO.0b013e31819225a0. PMID: 19060773. 当然现实中，也是指穿刺获得的。
肺组织一般认为是无菌。咳痰/抽吸的痰液因受到口咽部污染，肯定不是NSF。支气管肺泡灌洗液BALF是必然被污染的样本,不是NSF,只是污染的程度轻。英文叫minimally contaminated（小有污染的）。
个人认为，胆汁不是NSF。正常情况下，胆道和肠道相通。这个需要解释一下。解剖上，胆道和肠道相通——这是公认。宏观上相通，微观上的细菌不进入，不太可能。只是进入而没有引起炎症罢了。这是推测。事实上，是没有数据。这个数据的获得需要健康人群的胆汁进行革兰染色、需氧培养、厌氧培养、微需氧培养、真菌培养、mNGS等检测，通过统计看微生物学分布。如果mNGS检测确实无菌，而且30例以上，那结论是无菌。但这样的实验，大家知道很难实施，结果相对意义也不太大。所以，这一部分是观念阙如。建议不按照NSF理解。事实上，国际上也不允许将胆汁注入体液增菌培养瓶，就是这个道理。
尿液，要根据具体情况区分。经无菌操作方式（如手术术中采集）获得肾盂尿液、输尿管尿液、膀胱尿液是NSF；自然排尿，必然被外尿道口污染，不是NSF。新插导尿管引流的的尿液是NSF；久置导尿管引流的尿液不是NSF。
其他的引流液，参见前面脑脊液部分！
腹膜透出液应作一下细分。透析前，还没使用的液体，叫透析液。透析后，出来的液体，叫透出液。以避免混淆。腹膜透出液是人体操作的结果，可以当作NSF来理解、操作、解释结果。
宫内液体是NSF。现实中，如果是无菌手术状态宫内直接吸取，则是NSF；如果是经阴道流出，则不是NSF，这时候其实不叫“宫内液体”，只是该液体和阴道液体的混合物。羊水，正常情况下NSF。
随着分子生物学的发展，有研究发现正常情况下羊水里有“细菌”。这对之前的NSF观念有一定冲击。不过也须细分。其实，这类分子生物学结果对应的是核酸。不是活的菌体整体。正常情况下，羊水里是没有活的菌体的。或者严格来说，还没有证据证明有活的菌体。
NSS样本（主要是NSF，还包括组织）结果解释时，机会致病菌比较容易区分定植/污染和感染相对容易。这也是为什么我们一贯推荐NSS，强调要重视它的原因。综合医院微生物学实验室的标本构成中，如果咳痰/抽吸痰标本排第一，乃至超半数，实际上说明了这家医院的感染病处置能力相对弱，抗感染能力有短板。感染病诊治能力真正良好的医院，是血培养第一，甚至占到一半。
以上把微生物检验样本作了简单梳理。欢迎讨论！
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