【感染科普笔记2022-11-18】王珺丨mNGS本地化案例及新技术进展
本帖最后由 999欣欣向荣 于 2024-9-26 13:51 编辑王珺丨mNGS本地化案例及新技术进展https://mp.weixin.qq.com/s/yTetOS00qjlMCwjVN744mg
讲者丨王珺
整理丨陈维（成都市新都区人民医院）审核丨江云兰（安徽医科大学附属安庆第一人民医院）来源丨2021年SIFIC全国感控与耐药感染大会
病原体宏基因组高通量测序（mNGS）检测流程高度复杂，对环境、设备和人员技术能力要求高。如何在本地化有序发展、规范管理及合理使用 mNGS 技术，是目前研究的热点。
一、mNGS的影响因素在我国，病原体mNGS行业在产品转化速度和临床应用规模两方面均已得到高速发展。但是高通量测序本身的高背景会影响mNGS的检测特异性和灵敏度，本底人源的序列数目和病原的序列数目会互相影响其高通量测序的结果。另外人源的样本类型也会影响mNGS的测序结果，不同组织样本其序列数目和reads数目都各不相同。有研究表明，mNGS的检测灵敏度与样本人源序列数目的含量成反比，即样本人源序列数目含量越多，其检测灵敏度越低。同时有部分mNGS检测，会提前去除人源序列数目的含量，以提高检测的灵敏度。但是去人源技术是一把双刃剑，应该针对不同的样本采取不同的检测方案。实时定量mNGS可以对标本中的病毒含量进行定量，结合选择性去人源样本，mNGS的检测阳性率和特异性分别达到93.04%和93.33%。
二、mNGS如何本地化目前，mNGS医院实验室本地化主要有医院独立建设以及体外诊断（IVD）企业与医院联合共建两种形式。病原体mNGS医院实验室本地化系统的建立主要依托于高通量测序的仪器，同时医院实验室在建立mNGS检测的过程中，需要分别完成包括样本处理、核酸提取、文库构建和测序步骤的“湿实验”流程以及包括生物信息学分析和结果报告的“干实验”流程的性能评估，确定关键步骤中的关键参数。病原体mNGS实验室与从事肿瘤和遗传性疾病高通量测序检测的实验室不同，病原体 mNGS 的检测对象是引起感染性疾病的患者标本。因此，除样本的检测外，生物安全等相关风险的评估和管理也至关重要。评估和管理内容如下：①要评估生物安全风险。实验室需要按照病原微生物实验室生物安全的管理，严格执行有关标准规范，严格管理实验样本、实验材料、实验活动废弃物。②mNGS是复杂的多步骤测试，每个步骤操作是否规范直接影响试验结果，所以检测过程中的风险识别和风险控制就更为复杂和重要。
三、新技术的发展mNGS的创新点在于自动化和高效率。对于病原体的核酸提取和基因库建立以及结果分析，如果能够一站式自动化解决，将大大降低人工成本，临床医务人员就更有精力着重于结果的分析和诊断。
四、关于mNGS本地化的感悟mNGS的本地化不仅仅有利于标本本身的检测精确性和快速性，而且对于临床获取结果和对结果进行快速有效的干预也至关重要。mNGS的本地化是未来发展的必然所需，尤其对于某些非特异、很难诊断出病原体的疾病，mNGS技术能够及时挽救患者的时间和生命。同时还必须关注实验室生物安全。
图文：王小虾
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