【感染科普笔记2022-11-7】马筱玲丨mNGS本地化应用及管理体系建设
本帖最后由 999欣欣向荣 于 2024-9-26 11:27 编辑马筱玲丨mNGS本地化应用及管理体系建设https://mp.weixin.qq.com/s/EmNJOKPGOIQLRKQMRuYUwQ
讲者丨马筱玲（中国科技大学附属第一医院）
整理丨陈维（成都市新都区人民医院）审核丨江云兰（安徽医科大学附属安庆第一人民医院） 蓝雪0816来源丨2021年SIFIC全国感控与耐药感染大会
宏基因组二代测序技术(metagenome next generation sequencing， mNGS)的本地化需要与时俱进。在检测时效性方面，临床将样本送检至第三方检测公司进行检测，样本运输过程中不可避免地需要更多时间，而送检mNGS的患者多是传统病原检测方法无法诊断的病患，急需在最短时间内进行检测。同时mNGS的质量管理也是mNGS在本地化应用的一个重点。
一、mNGS的本地化历程mNGS的本地化从外送到医疗机构检测经历了五个重要的过程，测序仪器的更新迭代在这个过程中起到了至关重要的作用。
二、mNGS的送检标准目前mNGS的送检类型主要分为3大类：
[*]有较明显的临床表现；不明原因的发热或发热症侯群；急危重症全身感染或局部感染；免疫受损者的继发感染；经传统经验治疗后效果不佳的慢性感染。
[*]新发病原体或者特殊病原体以及怀疑2种以上病原体共同感染。
[*]流行病学上发生聚集性的群体感染或者感染患者具有特殊地区（具有较多特殊病原体的地区）的旅居史以及特殊职业史（畜牧业，屠宰业，水产业等），鉴于mNGS的成本较贵，一般的病原感染情况下，不进行mNGS样本检测（例如：常规培养容易直接明确的病原体感染，比如尿路感染；标本中含有大量微生物等会影响检测灵敏度的情况，比如粪便标本；mNGS不用于评估感染治疗效果）。
三、mNGS的样本采集标准mNGS检测主要针对以下几种临床情况采集样本：
[*]针对传统血流感染，mNGS的采集标本依旧选择的是外周血样。
[*]中枢神经系统的感染，送检标本为脑脊液。
[*]下呼吸道感染送检标本为肺泡灌洗液，深部痰液，气道吸取物。，其中怀疑真菌感染采集量大于2ML，病毒感染则需要3ML，进行RNA的检测。
[*]怀疑上呼吸道感染采集样本为鼻咽拭子和口咽拭子。
[*]胸腹腔感染送检标本为胸腹水。
[*]关节部位感染送检关节液。
[*]软组织感染送检渗出液，脓液，组织液。
[*]肠道感染和尿路感染不建议进行mNGS检测。
四、mNGS的质量管理体系建设mNGS的检测流程主要分为三大步骤：样本的采集、样本的检测及检测结果的分析。其中样本的前处理和检测具有发生实验室感染的生物安全的风险。故mNGS的质量控制要点主要有以下几点：
[*]严格的执行SOP的操作文件，落实记录清单的使用，防止出现操作失误。
[*]使用质控品对整个操作过程进行质量控制。
[*]对于核酸提取、文库建立、下机结果等重要结果进行质量控制。
[*]自动化的核酸提取和建库可以减少操作失误。因此，建立一个科学、有效的质量管理体系，对于样本的检测和医务人员的保护就十分有意义。
一般mNGS本地化应用机智两管理体系如下图：
五、mNGS的结果分析mNGS的结果判断分析不应仅仅依靠机器的结果，还应该结合专业的微生物解读，有部分基因组相似的菌，在机器报告中会出现错误，需要医师在临床结合实际综合考虑。
小 结马筱玲教授在讲课中对mNGS本地化历程、mNGS送检的标准及送检的适应证、mNGS质量管理体系建设和mNGS结果分析进行了详细的解读。对医疗机构开展mNGS检测项目起到很好的指导作用，推动抗感染水平不断提高。
图文：王小虾http://mmbiz.qpic.cn/mmbiz_png/NhbOcgUfdXs1h8szTIjibJlicQj067rVQwX7DBc2cb8CPSFemeQLlY7icQVxAutticHZSp2amkvQH5CpFUcZbiah2uw/0?wx_fmt=png
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