第三期 探秘病原微生物专栏丨关于微生物学分类和范畴的说明
本帖最后由 小雨飞飞 于 2022-6-18 15:35 编辑快播啦！开播啦！开播啦！
SIFIC论坛自《带着问题学规范》《周五课堂》《每周一书》《感控时间》《大家来找茬》等专栏热播后，再次推出一项吸睛新栏目——《探密病原微生物》。该栏目是与“SIFIC感染科普笔记”官微合作，隔周的周五准时在论坛与大家见面。针对每期的内容，大家可以跟帖讨论，如跟帖指出不足或提出新的需求者奖励金币3枚！
本栏目是由小猴子波波版主、小雨飞飞版主、蓝雪0816版主策划制作，还等什么，快来享受这场饕餮大宴吧！本期将《探秘病原微生物（二）感染和感染性疾病、传染和传染病》呈现给大家。Ready Go!
5月6日《探秘病原微生物》专栏第一次推送的文章题目是《微生物、病原微生物、微生物学、临床微生物学和公共卫生微生物学》。这篇科普推送后，收到了关于微生物分类的不同观点的反馈，解释汇报如下：
其一，微生物学分类国内很多书籍中的微生物分类，是“细菌、病毒、真菌、放线菌、支原体、衣原体、立克次体、螺旋体”。SIFIC感染科普笔记公众号《探秘病原微生物》专栏推送的科普文章写的分类，是“细菌、真菌、病毒、寄生虫、朊病毒、一些节肢动物”，和上面不尽相同。
1.国内部分教材和专著等书籍需要说明的是，“放线菌、支原体、衣原体、立克次体、螺旋体”都是细菌。这是由其生物学本质决定的，不是人为划分。这些名词和“细菌”并列，从生物分类上不太妥当。按照这个思路，应该表达为：细菌（普通常见细菌、厌氧菌、放线菌、支原体、衣原体、立克次体、螺旋体等）。这样更加严谨周全。
2.国际书籍2.1《临床微生物学手册》《临床微生物学手册》是临床微生物学领域国际上最重要的书籍之一。国内有北大人民医院王辉教授主译的中文版本（11版、12版）。希望大家关注。该书的section 2是细菌学部分，该部分包括了上述“放线菌、支原体、衣原体、立克次体、螺旋体”内容。该书另有病毒、真菌、寄生虫的section。
2.2热病手册热病手册即《桑福德抗微生物治疗指南》,是感染性疾病治疗领域最重要书籍之一。国内有北京协和医院范宏伟教授中文译本（连续多年，致敬！）。希望大家关注。中译本2021版（原文第50版）的表2，是“细菌抗感染治疗推荐”。其中亨氏巴尔通体、五日热巴尔通体、伯氏螺旋体、阿氏螺旋体、加林疏螺旋体、布鲁菌、洋葱伯克霍尔德菌、肺炎衣原体、沙眼衣原体的治疗方案出现在此部分，说明它们都是细菌。其他表格也有寄生虫内容，说明寄生虫学属于微生物学。
2.3《哈里森感染病学》《哈里森感染病学》第三版，有上海复旦大学中山医院胡必杰教授领衔翻译的中文版part IV到part IX，对应细菌、病毒、朊病毒、真菌、寄生虫、外寄生虫（ectoparasite），和我们的分类一模一样。
2.4《牛津感染病和微生物学手册》该书中译本正在翻译过程中。该书part 3 是系统细菌学。7细菌、8病毒、9真菌、10原虫、11蠕虫、12外寄生虫。
其他书籍，比如临床微生物学经典教材，就不一一枚举了。可以说，“细菌、真菌、病毒、寄生虫、朊病毒、一些节肢动物”这个分类是国际惯例。笔者2002年开始较多阅读英文资料，那时候就是这样分类，而且英语的世界里，当时也已经很多年了。
3.国内因素分析部分书籍微生物的分类未能与国际惯例保持一致，原因可能是多方面的，在此不多探讨。
寄生虫学在国内有特殊原因。建国初期，寄生虫为害多方。国内的寄生虫控制，相比于其他传染病而言，有时候是单独设置（类似结核病）。医学院校里，寄生虫学讲课也是与微生物学并列（笔者1992-1997在北医学习，北医课程就是这样设置）。这样造成了一个印象，寄生虫学与微生物学并列。因为这种分类是人为划分——国际上寄生虫学属于微生物学，是人为划分；国内有时候并列，也是人为划分。所以这个印象不是原则性错误。只是与国际惯例不太一致。放线菌、支原体、衣原体、立克次体、螺旋体等属于细菌，不是人为划分，是客观所属。
个人还是建议尽量与国际一致。国内特殊情况，再予特殊说明即可。另外国内的教材，也需要与时俱进。
其二，对人体有益的微生物——微生物学范畴这是温州医科大学杜季梅老师提示，致敬！确实如此，应该适当说一下有益的微生物。当时因为专栏是《探秘病原微生物》，强调致病性，所以思路没有展开。这里说明一下，权作补充。
就微生物和人体的关系，包括有害、有益、无关三种。病原微生物，主要着眼于有害这个方向。但其实，就微生物整体而言，对人体有害的大概都不到1%。
有益的情况：
[*]正常情况下，构成人体正常的微生物群（microbiota）和微生态。作用再细分，包括促进生长发育、屏蔽外来微生物、产生维生素等。
[*]作为工具直接用于人体（比如益生菌、粪便菌群移植、药物载体、疫苗等）。
[*]作为工具直接或间接用于人类生活的方方面面。比如食品微生物学：直接食用（蘑菇）、酿酒、制作面包、制作豆制品食物等；工业微生物学用于生产特定的化学分子；环境领域，利用微生物降解垃圾、处理污水等；农业领域粮食作物栽培，某些微生物有利于粮食作物生长、固氮，改善土壤墒情等。不胜枚举。
我相信，有一天人类走出地球，来到一个无生命星球生存，微生物是必不可少的环境改造工具。甚至打前站，开路先锋。建议现在就开始改造月球，在月球建立生物圈，引入微生物。这样人类在月球上改造后环境里，可以脱下太空服，迈出太空生活的第一步。智者一笑！哈哈哈哈！
无关的情况肯定是最多的。微生物是地球的主人，覆盖了地球的方方面面、“角角落落”。人类虽然足迹无所不至，但毕竟有很多禁区，比如深海。所以大多数微生物和人类是无关的。有一个经典假设，人类灭绝后，地球会怎样。如果不是核武器导致整个地球爆炸毁灭，只是单纯的人类消失的话，那99%的微生物不受丝毫影响——生活如常，安静美好。反之，如果微生物全部消失，那估计人类可能一天都顶不住（我的估计，没有看到文献）。
杜老师提到，也可以分为：明确有害、明确有益、共生（有益的居多，包括条件致病和未知作用）。明确有害，我理解就是绝对致病微生物。比如HIV，人体绝对没有；有了就会损害身体、致病。
由此，在5月6日原帖文字的基础上，我理解：
[*]临床微生物学（CM）范畴，具体还包括：临床处置用的益生菌/粪便菌群移植的益处（为主）和害处（个别会造成临床感染）、减毒/灭活的微生物疫苗的害处（个别会造成临床感染）等。
[*]公共卫生微生物学（PHM）范畴，具体还包括：生态/微生态（包括益生菌的影响）、减毒/灭活的微生物疫苗的益处（为主）和害处（临床感染角度，和临床微生物学有交叉），微生物处理垃圾和污水（和环境微生物学有交叉），微生物毒素分布（和食品微生物学有交叉）等。
[*]疫苗也涉及蛋白质、RNA等。这些是微生物的成分。这里暂不展开。杜老师提到，公共卫生微生物学（PHM）范畴尚无共识。查了一下Pubmed中PHM信息，没有找到明确的界定。可以参看德国总结性文章（分为参考实验室、咨询实验室，值得深入了解），部分国家和临床微生物学（CM）实验室功能有重叠（事实上也很难截然分开）。
上面对原帖发布的信息进行了解释和补充。只为学术探讨，方家一笑。多谢大家关注！随时沟通！
参考文献：Beermann S, Allerberger F, Wirtz A, Burger R, Hamouda O. Public healthmicrobiology in Germany: 20 years of national reference centers and consultantlaboratories. Int J Med Microbiol. 2015 Oct;305(7):595-600. doi:10.1016/j.ijmm.2015.08.007. Epub 2015 Aug 21. PMID: 26321004; PMCID:PMC7106537. LeeRA, Kirby JE. We Cannot Do It Alone: The Intersection of Public Health, PublicPolicy, and Clinical Microbiology. Clin Lab Med. 2019 Sep;39(3):499-508. doi:10.1016/j.cll.2019.05.008. Epub 2019 Jul 6. PMID: 31383271; PMCID: PMC6686869.
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