转贴：第二篇 PLoS ONE 发表经验
昨日在经历连续手术，同时抢救 2 个患者，夜班，和病房家属吵架，凌晨 5 点另一个病人家属来科室扯皮等一系列不顺利的间隙，打开邮箱，收到了劳动节唯一的好消息：投 PLoS ONE 的文章接收了。这是我第二篇 PLoS ONE，也是第一篇真正意义上的论著（第一篇是 meta 分析，同样投该杂志）。从成文到发表，该文算是命运多舛，期间得到很多贵人的帮助，并在此基础上成文的。虽然不是很牛的杂志，依然愿意将自己自立题，写作，投稿，发表等一系列经验与大家分享，希望能够对同投该杂志的战友们有所帮助。立题及写作这篇文章是一个临床研究，观察重症胰腺炎中两个指标（A 指标和 B 指标）的相关性，数据来自我们科室多年前所做的一个多中心、随机对照、前瞻的临床研究数据库。之前在其他疾病中这一块都说 A 指标与 B 指标呈正相关。由于数据库是我偶然得到，我最开始也仅仅是想做一下 A 指标和 B 指标的相关性，来验证下我所拿到的数据库。这个时候问题来了：我所做的结果并不是 A 与 B 呈正相关，而是在一定范围内正相关分布，超过介值后，反而呈反相关分布。这个时候我就怀疑数据的真实性。在向科室收集数据的副教授做了进一步确认和讨论，并且做了相应的统计学校正后，依然有这个关系，我就确认这个关系是客观存在的，而且是一个别人未报道过的新发现，就开始着手查文献准备写作。这是我的第一篇英文临床论著，通过这个过程认识到：临床论文一定要相信自己拿到的数据，如果你的数据和别人之前的报道不一样，那背后一定有原因，这个原因或许就是一篇新的论文的立足点。然后就是收集资料写作。主要是看看是否有相关的因素同时影响到 A 和 B，是否超过一定介值后 A 和 B 这种正相关关性就被打破了。在此要非常感谢哈佛大学的陈常中教授团队 @changzhong ，该论文的统计学分析全部来自于他们，陈老师以及论文实际贡献者也是作为该论文的作者。他们新开发的统计学软件：易侕统计（英文名称：EmpowerStates），是一款尤其适用于临床数据分析和亮点挖掘的软件，这个论文的统计图表全部来自于该统计学软件。易侕统计绝对是我见过做临床数据分析，尤其是干扰因素很多的数据统计最好的软件，并且能够做出非常漂亮的图表。在论文成文之后，我就面临一个作者分配的问题：该课题是 2007 年到 2008 年实施，由科主任牵头，科室一个副教授收集的我们中心的数据，而该文章是在导师的指导下我完成的。同时，数据来源还有来自于国内其他 3 个中心的贡献，涉及到多方面利益分配的问题。最后是和科室的人讨论，并且在请教过常青藤编辑的张科宏老师后，得出一个折中的方案：文章中明确注明数据来源，我和科室副教授为共同第一作者，导师和科主任作为共同通讯作者，其他实际贡献者（如数据的实际处理，统计分析，论文修改等等）按贡献大小放在中间，其他单位放在文章末尾的致谢中。我觉得，对于这种多方面均有贡献的论文，最好是在投稿之初就要确定好作者顺序，并且一定要知会本人，如果发表后再来擦屁股，大家都会很不爽。此外要非常感谢常青藤编辑的 @张科宏老师 ，在该论文的成文过程中，他做了多次点评，指出了核心问题，并且对于作者，还有怎样标注数据来源等，他也做了一些非常具体的指导。我也在征得他的同意后将他放在文章的致谢中。很多同学似乎并不想指导自己的文章被公司编辑过，这个我觉得大可不必，客观就行。能够将这个事情大方的说出来，对别人也是一种尊重和感谢。还要港大的罗娜老师以及我的一些同学等，他们都对该论文有实际的贡献。投稿受张科宏老师「毒害」甚深，他对于该文的投稿意见是「要发表在同行能够看到的地方，而不应该追求 IF」。所以最开始所选择的都是胰腺，重症或者胃肠病相关的专业杂志。但是由于数据的缺陷，很多 Reviewer 都觉得文章立题不错，但是仅仅提出假设，没有具体数据验证，无法接收。在频招打击的情况下，又将这个文章投到 PLoS ONE。投这个杂志，大修 1 次，小修 3 次才算最终落地。在回答 Reviewer 的问题的过程中也极其有意思。有个 Reviewer 非常明确的对我的数据提出质疑：我们对于临床病人从来不检测血液的细胞因子，你们是怎么做到的？这个时候就是要用充分的事实将他拍熄火。我感觉对于 Reviewer 的回复就是一个博弈的过程，只要有礼貌的回复，并且有充分的依据，一般不会有问题。临床论文，又不涉及补实验。投稿的时间非常长。非常有趣的是，我和师弟同时投这个杂志，都是胰腺炎相关的题材，两篇文章都是在同一个 Acdemic Editor 手中。虽然比较苛刻，但最后都顺利接收。以下是具体的投稿日志：9 月 23 日，投稿，manuscript submitted to journal10 月 1 日，under review10 月 31 日，decision in process11 月 3 日，major revision11 月 13 日，上传修改稿，Manuscript submitted to journal。大概 3 周后发邮件问过一次是否接收到我的文章，Editor 回复说我的文章还在 in-house editor 手上，首先他们要看格式是不是对的；12 月 7 日，manuscriptsend back to author，意见是说我的文章中没有标明 support information legends(现在 PLOS ONE 要求在这个部分上传原始数据，之前没有注意到，耽误快一个月)；12 月 10 日，修改完毕，上传再次修改后的稿件，manuscript submitted to journal.12 月 21 日，With editor.12 月 22 日，Under review.1 月 26 日，Decisionin process.1 月 27 日，第一次 Minor Revision.2 月 1 日，上传小修的修改稿，manuscript submitted to journal.2 月 3 日，With Editor.2 月 4 日，Decisionin process.2 月 5 日，第二次 Minor Revision，Academic Editor 提出 "you should check the professional terminology and linguistics of the paper"。2 月 11 日，上传小修稿，manuscript submitted to journal.2 月 12 日，With Editor 后迅速变为 Under Review.3 月 15 日，第三次 Minor Revision，要求修改中间的一个错误单词。实在被弄疲惫了，丢了一个多月没动。4 月 26 日，截止日前一天上传小修稿，manuscript submitted to journal.4 月 30 日，收到邮件说 Accept。需要注意的是这个杂志现在要求提供原始数据，一定要在文章中注明原始数据，并且要以附件的形式上传。我是这样标注的：Supporting Information LegendsS1 Table. Relevant data underlying the findingsdescribed in manuscript.这个在正文中一定要有，不然他会给你打回来，浪费时间。以上就是我关于这个文章的一些经验，更多的谈到了关于写作过程。很多人都对该论文有具体的贡献，而我仅是一个信息整合者。通过该论文，对我最大的帮助并不是发表，而是临床数据的分析，以及发表的一些伦理问题，还有作者分配的问题。当然，还有合作，这个很重要。很多东西，只有合作，才能够更快的出成果，自己一个人的力量毕竟有限，而且也不要害怕和别人分享成果。这大概是该文成文及投稿的过程，希望对战友们有所帮助。第二次投这个杂志，算是有一点经验，如有需要帮助的可以私信我。很佩服老师的才华，我们是英语不好的那一代人，但也是很努力充实自己，今年已经录用了2篇核心期刊文章。 紫藤花园 发表于 2015-8-10 22:21
很佩服老师的才华，我们是英语不好的那一代人，但也是很努力充实自己，今年已经录用了2篇核心期刊文章。
祝贺！我想，只要坚持，一定会有收获的！ 这篇好像是丁香园上的，对吗？ 本人英语水平不好，但是发表了3篇非《中华医院感染杂志》的其他中华牌杂志。 jialei1839 发表于 2015-8-11 08:02
本人英语水平不好，但是发表了3篇非《中华医院感染杂志》的其他中华牌杂志。
《中华医院感染杂志》并非中华牌杂志 jialei1839 发表于 2015-8-11 08:00
这篇好像是丁香园上的，对吗？
是的，转自丁香园，好的内容，大家共勉！ 受益匪浅，感谢楼主分享！ 紫藤花园 发表于 2015-8-11 13:16
《中华医院感染杂志》并非中华牌杂志
楼主是内行人士呀，向您学习 好像记得PloS ONE 是要收取版面费的吧？ 江边一碗水 发表于 2015-8-15 08:42
好像记得PloS ONE 是要收取版面费的吧？
要的，而且很贵的，每篇1万多
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